Po II wojnie światowej, w 1947 roku, franciszkanie z Prowincji Matki Bożej Anielskiej z Krakowa objęli w posiadanie dawny protestancki Kościół Wniebowstąpienia przy ulicy Oliwskiej. Otrzymali również na własność parcele należące do kościoła protestanckiego, w tym w najbliższym otoczeniu samej świątyni.
Od pierwszych dni pobytu franciszkanów w Nowym Porcie pojawił się problem braku domu zakonnego. Jego funkcję mogła spełniać okazała pastorówka, powstała na początku XX wieku. Był to duży piętrowy budynek, stojący przy kościele, jednak mocno zniszczony w wyniku działań wojennych. Ostatecznie uznano, że nie nadawał się do remontu, a jego pozostałości rozebrano.
O. Maciej Śliwa, stojący w 1947 roku na czele wspólnoty klasztornej w Nowym Porcie, podjął wówczas decyzję o adaptacji na cele mieszkalne budynku przy ulicy Sportowej 9 (przemianowanej w latach czterdziestych na ulicę Karola Gronkiewicza, a po 1990 roku na Strajku Dokerów).
Tak opisuje to kronika klasztorna:
Uwaga jego [o. Macieja Śliwy] skupiła się na mało zniszczonym budynku położonym w Gdańsku Nowym Porcie przy ulicy Sportowej 9, należącym przed zakończeniem działań wojennych do niemieckiej religijnej (ewangelickiej) organizacji przeciwalkoholowej pod nazwą „Blaue Kreuz”. W budynku tym była kaplica oraz 3 pokoje z kuchnią i łazienką, zajęte przez oficera rosyjskiego (radzieckiego).
Budynek ten, dzięki staraniom o. Macieja Śliwy, stał się własnością franciszkanów i ich tymczasowym domem klasztornym do 1960 roku. Z czasem dokonano w nim poważnych remontów (m. in. podzielono kaplicę na mniejsze pomieszczenia). Po 1960 roku został przekazany na Dom Zakonny Zgromadzenia Córek Maryi Niepokalanej i funkcję tę pełni do dnia dzisiejszego (stan na 2020 r.)
Dom klasztorny przy ulicy Sportowej był rozwiązaniem tymczasowym. Od kościoła dzieliła go znaczna odległość i nasi poprzednicy od początku myśleli o budowie nowego domu zakonnego przy samej świątyni.
W latach czterdziestych i pięćdziesiątych nie było to jednak możliwe. Nieliczne środki finansowe, którymi dysponowali franciszkanie, zostały przeznaczone na odbudowę zniszczonego Kościoła Morskiego. Budowie klasztoru nie sprzyjała także polityka władz komunistycznych: w czasie stalinizmu wroga wobec kościoła i jakiegokolwiek budownictwa sakralnego.
Sytuacja zmieniła się w okresie politycznej „odwilży” w październiku 1956 roku. Ten moment wykorzystali o. Mieczysław Kierzkowski (stojący na czele Prowincji Matki Bożej Anielskiej) oraz ówczesny gwardian naszego kościoła o. Zygmunt Jaszczur, a wkrótce potem (od 1957 roku) kolejny gwardian, o. Joachim Adamski. Uzyskali oni zgodę od ówczesnych władz na wybudowanie domu klasztornego.
Wykonanie projektu architektonicznego powierzono inżynierowi Mieczysławowi Śliwińskiemu z Krakowa. Generalnym wykonawcą robót było Przedsiębiorstwo Robót Kolejowych w Gdańsku. Formalne zezwolenie wydał Nadzór Budowlany Gdańskiego Urzędu Morskiego.
Plan architektoniczny wykonany został w ciągu sześciu miesięcy, a budowa ruszyła od stycznia 1958 roku. W jej trakcie zniwelowano pozostałości przedwojennych budynków. Cegłę z nich pozyskaną wykorzystano m. in. na fundamenty klasztoru i cokołu ogrodzenia.
Przez kolejne dwa lata prace budowlane posuwały się sprawnie. Kolejne ich etapy opisywała nasza kronika klasztorna:
W styczniu 1958 r[oku] wybudowano całe mury piwniczne, a w ciągu lutego można je było zasklepić. Przez marzec i kwiecień wymurowano i zasklepiono parter, a w ciągu maja i czerwca piętro. Dwa następne miesiące trwała budowa ścian działowych parteru i piętra, a we wrześniu murów i ścian poddasza. W październiku przykryto budynek płytami tzw. bytomskimi i zakładano stolarkę.
Prace wykończeniowe przeprowadzono na przełomie 1959 i 1960 roku. Przez kolejne lata trwało jego wyposażanie.
Dom Zakonny w Nowym Porcie został uroczyście poświęcony przez biskupa gdańskiego Edmunda Nowickiego 6 stycznia 1960 roku. Był to uroczysty dzień dla naszej wspólnoty, odnotowany następująco w kronice klasztornej:
W dniu 6 stycznia 1960 r[oku], w uroczystość Objawienia Pańskiego, przybył do naszego klasztoru J[ego] E[minencja] ks[iądz] b[iskup] gdański, d[oktor] Edmund Nowicki, aby dokonać poświęcenia domu i odnowionego kościoła. Radośnie przyjęty przez przedstawicielstwo Prowincji [Matki Bożej Anielskiej], mieszkańców klasztoru i licznie zgromadzonych wiernych [i] sympatyków naszego kościoła. W swoim przemówieniu w kościele i w domu, wytyczył ks[iądz] b[iskup] generalny program pracy klasztoru: szerzenie miłości Boga szczególnie w duszach ludzi morza i pracowników portu.
Nasz dom, niemal w niezmienionym kształcie, służy nam do dziś. Architekt przewidział parter na tradycyjne pomieszczenia gromadzące wspólnotę zakonną: refektarz, kapitularz, pomieszczenia gospodarcze (kuchnia) i miejsce dla gości; piętro stanowią pomieszczenia mieszkalne dla ojców i braci. Budynek posiada w pełni funkcjonalne piwnice, w tym garaże (obecnie wykorzystywane w innym celu). Zaprojektowano również łącznik, dzięki któremu można przejść, bez oglądania się na warunki atmosferyczne, do samego Kościoła Morskiego. Łącznik mieści również kaplicę klasztorną, a także płynnie przechodzi w zakrystię naszej świątyni, powiększając jej powierzchnię.
Modernistyczna architektura naszego domu klasztornego różniła się od bryły kościoła. Trzeba jednak przyznać, że jak na swoje czasy powstał budynek obszerny i nowoczesny, wyposażony we wszelkie udogodnienia (w tym centralne ogrzewanie). Jego wielkość związana była także w uwarunkowaniami politycznymi: budynki sakralne w okresie komunizmu budowano większe, gdyż przełożeni kościoła obawiali się utrudnień bądź zablokowania dalszych inwestycji.
Tak też stało się w przypadku naszego klasztoru, przy którym planowano wybudować Dom Rekolekcyjny. Jednakże Urząd do spraw Wyznań (z ramienia władz komunistycznych nadzorujący kościoły) zezwolenia na tę budowę nie udzielił. Już wkrótce okazało się, jak bardzo ta inwestycja była potrzebna, gdy w 1961 roku władze komunistyczne w ramach polityki ateizacji zakazały lekcji religii w szkołach. Prowadzone były one potem w murach naszego klasztoru, w niewielkiej (jak na potrzeby uczniów) kaplicy klasztornej.
Przy domu zakonnym urządzone zostały ogrody franciszkańskie. Bryła budynku podzieliła teren na dwie części: słoneczną (od strony kanału portowego) przeznaczono na ogród owocowy. Zbudowano na nim ogrzewaną, podpiwniczoną szklarnię, a teren zamieniono na sad. Druga część ogrodu, od ulicy Oliwskiej, była zacieniona przez kościół i klasztor. Dlatego też nadano jej charakter parkowy i obsadzono drzewami i ozdobnymi krzewami.
Z biegiem lat ogród ulegał dalszym przeobrażeniom. Po 2000 roku, dzięki pracy o. Erwina Urbaniaka, w naszym ogrodzie zamiast drzew owocowych zaczęły dominować warzywa, kwiaty i zioła. Powstał też niewielki kurnik. Dzięki wytężonej pracy ziemia tutejsza odwięcza się pięknymi i obfitymi plonami.
W naszym domu zakonnym goszczą franciszkanie z różnych części Polski. Jego położenie – niedaleko morza, tuż przy tętniącym życiem porcie – nadaje mu wyjątkowy klimat.
Na koniec nadmienić należy, że nasz Dom Zakonny i Kościół Morski występują pod jednym adresem: ulicy Oliwskiej 2. Wszystkich pragnących się z nami skontaktować witamy przy furcie klasztornej.