Pierwszy klasztor franciszkański w Gdańsku ufundował w 1431 r. wielki mistrz krzyżacki Paweł von Russdor. Należał od do saskiej Prowincji pw. św. Jana Chrzciciela, która pod wpływem św. Jana Kapistrana (w poł. XV w.) przyjęła regularną obserwancję. W czasie reformacji upadła, a klasztory pruskie zaczęły się wyludniać.

Wtedy bernardyni z prowincji wielkopolskiej zaczęli stopniowo obejmować opustoszałe pruskie klasztory (w Barczewie, Nowem, Lubawie, Toruniu). Byli również zainteresowani konwentem gdańskim. Sprawa okazała się jednak niezwykle trudna z tego względu, że ostatni kustosz pruski, Jan Rolaw, oddał w 1555 roku kościół i klasztor magistratowi miasta, który był już całkowicie opanowany przez protestantów. Mimo poparcia ze strony królów polskich: Zygmunta III, Jana Kazimierza i Jana III Sobieskiego, papieży: Klemensa VIII, Urbana VIII i Innocentego XI, a także biskupów włocławskich, do których Gdańsk należał, nie udało się tego klasztoru odzyskać. Starania przeciągały się do początku XVIII w.

Idąc za radą króla Jana Kazimierza, bernardyni zdołali jedynie założyć w 1673 r. kaplicę i małe hospicjum. Będąc na miejscu, mogli skuteczniej zabiegać o zwrot kościoła i klasztoru. Jednak i to nie przyniosło spodziewanego rezultatu. Nie pomogło także wysłanie zdolnego kaznodziei o. Jana Schawenburga, który pochodził z prowincji saskiej, a w prowincji wielkopolskiej pełnił funkcję lektora teologii, oraz dwóch innych kaznodziejów, znających doskonale język niemiecki: o. Franciszka Dąbrowskiego i o. Mikołaja Gieryka. Nie udało się odzyskać kościoła i klasztoru gdańskiego pw. Świętej Trójcy. Kaznodzieje mieli szczęście nawrócić 230 osób z luteranizmu, w tym dwóch wpływowych pastorów.

Do sprawy rewindykacji konwentu gdańskiego ponownie wrócono po drukiej wojnie światowej. Byli nią zainteresowani franciszkanie z Prowincji Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny z Katowic (o. prowincjał Antoni Maria Galikowski) oraz franciszkanie konwentualni. Oni to okazali się bardziej sprytni i już 30 marca 1945 r. o. Norbert Uljasz OFMConv zaopiekował się ruinami kościoła Świętej Trójcy i św. Anny. 8 grudnia 1947 r. administrator diecezji gdańskiej, ks. inf. Andrzej Wronka poświęcił te kościoły i przeznaczył do kultu katolickiego.

W 1666 r. przybyli do Gdańska również reformaci z prowincji wielkopolskiej i osiedlili się w Stolcenbergu (dzisiejszy Chełm). Wkrótce wybudowali kościół pw. Św. Antoniego z Padwy, konsekrowany 25 września 1674 r. Prowadzili przy nim parafię i szkołę elementarną. Rząd pruski zlikwidował klasztor w 1813 r.

Po drugiej wojnie światowej bracia mniejsi z Prowincji Matki Boskiej Anielskiej objęli w 1946 r. w dzielnicy Gdańsk Nowy Port zniszczony w czasie działań wojennych, poewangelicki kościół zbudowany w 1905 r. Po odbudowaniu i przystosowaniu do sprawowania kultu katolickiego świątynia została uroczyście poświęcona 18 kwietnia 1949 r. przez administratora diecezji gdańskiej, ks. infułata Andrzeja Wronkę. Świątyni nadano wówczas tytuł: Misyjny Kościół Morski pw. Niepokalanego Serca Maryi.

W latach 1957–1959 wybudowano klasztor, który poświęcił 6 stycznia 1960 r. biskup gdański Edmund Nowicki. W latach siedemdziesiątych przeprowadzono w kościele prace, które miały na celu dostosowanie świątyni do wymogów odnowionej liturgii.

Od 1991 r. konwent w Gdańsku Nowym Porcie znalazł się w obrębie Prowincji św. Franciszka z Asyżu Zakonu Braci Mniejszych w Poznaniu (wcześniej należał do Prowincji Matki Bożej Anielskiej z Krakowa).

Oprac. na podstawie: Schematyzm prowincji św. Franciszka z Asyżu Zakonu Branci Mniejszych – Franciszkanów w Polsce, Poznań 2018.