Początki świątyni związane są z założeniem Nowego Portu. Od 1815 roku działała tutaj kaplica protestancka urządzona w domu prywatnym. W 1833 roku erygowano gminę ewangelicką, której proboszczem został pastor Karl Gustav Adolph Tennstaedt. Jego staraniem wzniesiono pierwszy kościół poświęcony 23 maja 1841 jako Himmelfahrtskirche (kościół Wniebowstąpienia).
Z powodu szybkiego przyrostu mieszkańców Nowego Portu świątynia pod koniec XIX wieku okazała się niewystarczająca dla wiernych. W 1904 rozpoczęto budowę nowej świątyni z inicjatywy pastora Johannesa Waltera Kuberta. Poświęcono ją 19 stycznia 1905 roku.
Kościół został wzniesiony przez architekta Oskara Hossfelda, a swoim wyglądem nawiązywał się do form romańskich i gotyckich. W 1945 roku świątynia została zniszczona (wnętrze całkowicie). Kościół został odbudowany w 1949 roku i ponownie poświęcony 18 kwietnia tegoż roku jako Morski Kościół Misyjny Niepokalanego Serca Maryi w Gdańsku. Aż do lat siedemdziesiątych trwało urządzanie wnętrza świątyni.
Od 1945 roku świątynią zawiadują franciszkanie. Od 1991 roku kościół należy do prowincji św. Franciszka z Asyżu Zakonu Braci Mniejszych w Poznaniu.
Przy kościele istnieje Dom Zakonny Braci Mniejszych wybudowany w 1960 r. W latach 1945–1960 klasztor franciszkański w Nowym Porcie mieścił się przy obecnej ulicy Strajku Dokerów.
Die Anfänge der Kirche sind eng mit der Entwicklung Neufahrwassers verbunden. Seit 1815 existierte auf diesem Gebiet eine Protestantenkapelle, die in einem Privathaus untergebracht war. Bereits im Jahr 1833 wurde die evangeliche Kirchengemeinde gegründet. Die Gemeinde betreute damals Pastor Karl Gustav Adolph Tennstaedt. Zu seinen Erfolgen gehört der Bau der ersten evangelichen Kirche in Neufahrwasser. Die Kirche wurde am 23. Mai 1841, als die Himmelfahrtskirche eingeweiht. Da sich die Einwohnerzahl von Neufahrwasser schnell veränderte und rasch zunahm, erwies sich das Kirchengebäude bereits am Ende des XIX Jahrhunderts als zu klein.
Dank des Engagements des damaligen Pastors Johannes Walter Kubert begann 1904 der Bau der neuen Kirche. Die Bauarbeiten wurden am 19. Januar 1905 beendet. Das, von dem Architekten Oskar Hossfeld entworfene Kirchengebäude bezog sich in seiner Form auf die Grundlagen der Romanik und Gotik.
Im Jahr 1945 wurde das Kirchengebäude stark zerstört (das Innere vollständig). Der Wiederaufbau endete 1949 und in demselben Jahr erfolgte, am 18. April die Einweihung der Missionskirche des Unbefleckten Herzens Mariens in Gdańsk. Bis in die siebziger Jahre hinein dauerte das Ausstatten der Kirche.
Seit 1945 machen in der Kirche ihren Dienst die Franziskaner. Seit 1991 gehört sie zu der Provinz des heiligen Franziskus von Assisi des Ordens der Minderen Brüder in Posen.
An der Kirche besteht seit 1960 das Ordenshaus der Minderen Brüder. In den Jahren 1945-60 befand sich der Franziskanerorden in Neufahrwasser an der heutigen Strajku Dokerów-Straβe.
(tłum. AD)
